自發性感染在單純性腎囊腫中罕見,而一旦發生就難以同腎癰鑒別。有時囊腫內可出血,突然發生時,可引起劇痛,出血可來自囊腫壁上伴發的癌腫。囊腫位于腎下極并緊貼輸尿管時,可加重腎盂積水,而尿液對腎盂的壓迫可引起背痛。這種梗阻還可以使腎臟發生感染。