既然反義RNA在原核生物中對基因表達起著重要的調控作用，那么人工設計在天然狀態下不存在的反義RNA來調節靶基因的表達，想必也是可能的。這已在不少實驗中得到證實。
1.由于對靶mRNA的SD序列的上游區的結構了解甚少，因此，在要設計Ⅱ類反義RNA用于和靶mRNASD序列上游區結合，以期達到調節該mRNA翻譯的目的是比較困難的。
2.Ⅲ類反義RNA是和mRNA的起始處結合而形成類似ρ-不依賴性的轉錄終止子而使轉錄水平上抑制靶基因的表達。因此，要設法在靶mRNA上找到一段連續的U序列，就可以設計出反義RNA，與該U序列上游的mRNA鏈互補，以形成ρ-不依賴性終止子。理想的作用位點是在靶mRNA的5'端上游的非編碼區，以免受核糖體的影響。
3.只要靶基因的核苷酸順序已經知道，就可以人工設計出Ⅰ類反義RNA。有時還可設計同時具有Ⅰ類和Ⅲ類反義RNA功能的反義RNA。
我們還可以設計出天然存在的反義RNA的反義RNA來。這樣就可以拮抗原始反義RNA對靶mRNA的抑制作用。而達到激活或加強某個靶基因的表達的目的。然而并不是所有的mRNA對其相應的Ⅰ類反義RNA都敏感。例如，有的mRNA壽命很短，只有1-2分鐘，它們和反義RNA結合的機會較少，因而就較不敏感。反之，另一些mRNA則很穩定，壽命可達十多分種，則其對相應的反義RNA的抑制作用就很敏感。此外，反義RNA本身的穩定性有很大的實際意義。顯然，穩定的反義RNA對靶mRNA的調節作用比不穩定的反義RNA要好。