由于尿路感染疾病范圍的廣泛性，從尿痛-尿頻綜合征到發作性腎盂腎炎，從有癥狀性菌尿到無癥狀性菌尿，因此在臨床上不能僅僅只作出尿路感染的診斷，還必須對UTI患者進行病因診斷和定位診斷，從而使患者得到正確有效的治療和隨訪措施，進而減少若干年后慢性腎功能損害的發生率。
事實上，臨床醫師對尿路感染病因的準確判斷以及受累部位的定位診斷能力是有限的。病人若有明顯寒戰、高熱、劇烈腰痛、明顯的革蘭陰性膿毒血癥征象等臨床表現，容易作出腎盂腎炎的診斷。但是，如果沒有上述癥狀和體征，也不能排除腎臟疾病的可能，如隱匿性腎盂腎炎。因此在診治可疑UTI的病人時，應該通過以下幾點綜合分析診斷：