1.進行空白或對照層析譜分析(即在步驟①中不加樣)。一般這是進行一天層析工作的開始。下面是推薦使用的用于 RP-HPLC 系統評估的標準色譜條件。 (1)線性梯度:從 0~100% 的溶劑 B,溶劑 A 是 0.1% 的 TFA 水溶液 (體積分數),溶劑 B 是含 0.09%TFA 的 60% 乙腈水溶液; (2)梯度率:1%B/min(即 60 min 內溶劑 B 從 O 到 100%); (3)流速:lml/min(4.6 mm 內徑層析柱);0.lml/min(2.1 mm 內徑層析柱) (4)溫度:40~45°C。
 2.標樣蛋白(對照組)色譜分析。在步驟①中,對于 4.6 mm 層析柱來說,注入 1OOul 標樣蛋白(0.lmg/ml)(即每標樣蛋白為 10ug,流速為 lml/min 時 1ug=1OOmAU); 對于 2.1 mm 層析柱,加入 l0W 濃度為 0.lmg/ml 的標樣蛋白,即每種標樣蛋白 1ug(在流速為 0.lml/min 時,1ug=100mAU)。 3.消化肽的混合物色譜分析,用與步驟②中相同的條件。 4.樣品的收集。在有蓋的聚丙烯微量離心管中收集洗脫下來的肽峰,蓋緊蓋子,于-20°C 保存,以便進一步研究。如果是人工收集樣品,檢測器的流動池與出口管間的死體積必須精確計算。
 5.對于要長期保存的層析柱,先將層析柱沖洗干凈,然后儲存于親水性有機溶劑中(如 50% 丙酮水溶液)。對于過夜保存的層析柱,可以用溶劑 B 以非常低的流速沖洗層析柱(如流速為 50ul/min)。
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