上述針對自身的免疫應答，均不需破壞原有的自身耐受性。因自身耐受性被破壞而引起的自身免疫病有 3種類型：①由針對自身紅細胞抗原決定簇的抗體引起的自身免疫病，如自身免疫性溶血性貧血。疾病表現為紅細胞被破壞和貧血；②由針對自身特殊組織成分的抗體(例如甲狀腺抗體、胃粘膜抗體)引起的自身免疫病。同一患者可出現多種針對組織的抗體。可見到這些組織的破壞性疾患，抗體存在，不一定都引起病癥。如今還不能肯定抗體是否為這些病的原發病因；③由針對多種動物組織共同成分（例如核酸）的抗體而引起的自身免疫病，例如系統性紅斑狼瘡。
自身免疫發生的假說很多，如有：①禁忌克隆學說認為,由于免疫活性細胞克隆突變或自身穩定失調,針對自身組織成分起反應的禁株再次出現；②自身抗原交叉反應學說；③半抗原作用和自身抗原構型改變學說；④抑制性T細胞功能紊亂學說等。
自身免疫是一個復雜的、多因素效應的自然現象。除外界影響（如藥物半抗原、微生物感染）外，還與機體自身的遺傳因素密切相關。特別是可能與主要組織相容性系統中的免疫應答基因和（或）免疫抑制基因的異常有關。