發酵罐其表面光潔度的程度以及內部構件的清潔度是直接影響染菌的處于因素。因此，在每次發酵結束后和再次使用前都必須及時清洗罐體及相關設備，清洗時應注意電器元件、電 極接口，不能進水，受潮。
清洗前應取出PH、DO電極按其要求保養(見電極保養)。 清洗罐內可配合進水進氣、電機攪拌、加溫一起進行，如多次換水還不能清洗潔凈，則要打開頂蓋用軟毛刷刷洗罐內部件。控制開關與電源開關，取下頂蓋電極、電機及其連線插頭。拔下進氣膠管冷凝器快速接頭拆下進氣過濾器上膠管與接頭;把頂蓋連同攪拌一起垂直向上拆卸下來，并橫置于平整桌面，墊好、不要碰撞軸和葉輪，用中性洗滌劑刷洗罐體及內部各部件。罐蓋搬動清洗時只能抓住軸套或頂蓋，不能抓攪拌軸、葉輪和其它易變形部件。
發酵罐
在清洗同時，應對其罐及出口閥等一些O形密封圈進行檢查，如發現永久變形、老化、由劃傷等現象需及時更換。清洗完畢重新安裝后，應對其外表及罐架等用抹布擦干。擰緊罐蓋六個緊固螺絲，用力要平衡并注意罐與罐座間隙均衡。對于玻璃發酵罐的清洗應特別要小心，拆裝時不要碰撞;擰緊罐蓋緊固螺絲時，用力一定要平衡，并注意間隙均衡，已免損壞玻璃罐體。