變形桿菌屬O抗原有49個，為分群的主要依據；有H抗原，是分型的依據。O抗原和H抗原在本屬不同種間有交叉，O抗原與大腸埃希菌、沙門菌O抗原間也有交叉反應。另外，普通變形桿菌X19、X2和Xk三個菌株的0抗原與斑疹傷寒立克次體等的脂多糖為類屬抗原，根據這一現象，臨床上可用普通變形桿菌OX19、OX2和OXk代替立克次體作為抗原，與病人血清進行凝集試驗，即外斐試驗（Weil-Felix test），以輔助診斷相應立克次體病。
