實驗過程
1、將兩塊玻璃對齊放入電泳支架上（帶缺口的玻璃缺口朝上并位于內側），旋緊固定螺絲并夾好夾子。注入去離子水，檢測是否漏水后倒出去離子水。
2、配制高變性劑濃度凝膠溶液和低變性劑濃度凝膠溶液，在灌膠前加入適量的10%過硫酸銨溶液和TEMED作為聚合引發劑和催化劑并充分混勻。關閉梯度混合儀的兩個閥門，將高濃度變性劑凝膠溶液加入梯度混合儀靠近出口的一端，將低濃度變性劑凝膠溶液加入另一端，并打開磁力攪拌器。
3、先打開梯度混合儀出口端閥門，待液流穩定無氣泡時將針頭插入兩塊玻璃縫隙中部，接著打開梯度混合儀中間閥門開始灌膠。
4、待凝膠灌至距上端1.5cm處時停止灌膠，加入1mL去離子水液封膠面，待凝膠聚合后，配制不含變性劑的0%凝膠，用移液器灌膠，插好梳子，待凝膠完全聚合。
5、拔出梳子，將電泳支架放入恒溫電泳槽，將各個PCR產物與Loading buffer混勻，然后用微量上樣器吸取樣品并加到各個上樣孔中（每個孔的DNA含量為500-800ng，PCR產物在瓊脂糖電泳時與Marker比較計算其大概含量，使得梯度變性膠每個孔樣品中的DNA含量盡量一致）。 一切就緒后，準備開始電泳，電壓設定為第一階段60V，時間1h 第二階段100V，時間16h，電泳儀全自動定時分段編程。
6、電泳結束后，拿出電泳架取出玻璃，將一側玻璃揭去，用EB或SYBR Green染色30min后取出凝膠，置于凝膠成像儀中拍照。
注意事項
1、實驗中提取DNA，以及DGGE操作中接觸到得較多易揮發有機試劑和有毒試劑，操作過程中須注意做好防護。
2、膠濃度根據PCR產物片段長度選定，一般150-400bp的選用8％的膠，400bp以上的選用6％的膠。
3、變性劑濃度范圍根據文獻報道并針對具體樣品做適當調整，使最終條帶位于變性膠中部。
4、引發劑和催化劑的具體用量可以根據氣溫以及實驗人對聚合速度的要求等具體實驗情況進行調整，文檔表格中列出的是參考用量。
5、配膠用的玻璃板須洗刷干凈，避免雜質引起氣泡等影響凝膠的一體性，加入凝膠液之前須注意檢查玻璃板是否漏水。
6、拔取梳子的時候要注意切勿破壞上樣孔，可先將凝膠放入電泳緩沖液中浸泡，然后拔取。
7、電泳槽中提前裝入1×TAE緩沖液21L，溫度設置為60°C，插上電極和緩沖液循環管，預熱電泳緩沖液。