DGGE/TGGE已廣泛用于分析自然環境中細菌、藍細菌, 古菌、微型真核生物、真核生物和病毒群落的生物多樣性[8]。這一技術能夠提供群落中優勢種類信息并同時分析多個樣品，具有可重復和操作簡單等特點, 適合于調查種群的時空變化, 并且可通過對條帶的序列分析或與特異性探針雜交分析鑒定群落組成。DGGE和TGGE分別通過逐漸增加的化學變性劑線性濃度梯度和線性溫度梯度可以把長度相同但只有一個堿基不同的DNA片段分離。DNA分子的雙鏈在特定溫度下會分離，這個溫度取決于互補鏈的氫鍵含量（富含GC的區域融解溫度較高）和相鄰堿基的引力。
DGGE 法的優缺點
優點
1、幾乎可以檢出所有突變
2、可將突變分子完好無損地同野生型分子分開用于進一步的分析
3、無須標記
4、電泳前只需一步操作
5、可用于未經擴增的基因組 DNA
6、可檢測出象甲基化這樣的 DNA 修飾
缺點
1、需要專門設備需要用計算機對序列進行分析
2、需要進行預實驗需要昂貴的“ GC 夾板”
3、無法確定突變在 DNA 片段中位置
4、需要用含有毒性物質甲酰胺的梯度凝膠
5、DNA 片段大小限制在 100-500bp