1 血（骨髓）培養標本的采集：
嚴格以無菌操作抽取（骨髓），于酒精燈火焰旁，精確而迅速地將標本注入血培養瓶內，并輕輕搖勻，以防凝固，血液量應相當于培液的十分之一，一般以5ml為宜，骨髓量一般為1～2ml。為提高檢出率，應在病人用藥前或發熱高峰時采取標本。
2 尿液培養標本采集：
一般采集中段尿，囑患者用肥皂水及溫開水洗外陰部及尿道口，用無菌紗布拭干，令其排尿，開始排出之尿棄去，而后采集中段尿于無菌培養管內送檢。雙側腎盂尿，由專科醫師采集，標記清楚左、右，以免混淆誤診。
3 糞便培養標本采集：
一般培養，挑取糞便粘液、膿血部分，液態便應挑取絮狀物。無法獲取糞便時，可采取直腸拭子，將棉棒用生理鹽水或甘油緩沖鹽水濕潤，之后插入肛門內4-5cm，輕輕轉動一圈取出。標本留取后，應及時送檢；防止尿液混入，以防降低檢出陽性率。特殊培養應與聯系，按有關規定留取標本。
4 痰液及支氣管分泌物標本的采集：
4.1 采集痰液標本以清晨為好，囑患者先用溫開水漱口數次，以除去口腔內大部分雜菌，然后用力咳出氣管深部的痰液一口，吐入無菌培養皿內，立即送檢。
4.2 支氣管分泌物，應由醫師利用支氣管鏡直接自患者支氣管內采取后立即送檢。
5 膿液及創面分泌物標本的采集
1 采取標本時，應盡量揩去病灶表面的污染菌，以免影響檢驗結果。用無菌棉拭采取膿液及病灶分泌物于無菌培養管內送檢，亦可用無菌手術采取組織碎片送檢。
2 膿樣標本，最好用無菌注射器，抽取膿液，如行切開排膿亦可以用無菌棉拭采取標本送檢。
6 咽喉、鼻、耳、眼分泌物標本的采集
以無菌棉拭采取患者喉部或鼻、耳、眼部分分泌物，立即送檢。采集標本時應盡量勿使棉拭接觸唾液及口腔其他部位的粘膜，以防唾液的抑菌作用和雜菌污染。
7 生殖器官標本的采集
以無菌棉拭采取病灶分泌物于培養管內，立即送檢。做有關性病病原體PCR檢測時，取特定容器，按要求留取標本。