可增加吡非尼酮不良反應的藥物：環丙沙星、胺碘酮、普羅帕酮，應避免合用。
可降低吡非尼酮療效的藥物：奧美拉唑、利福平，合用應提高警惕。
吡非尼酮與氟伏沙明合用時，清除率顯著降低，數日內吡非尼酮血藥濃度明顯升高。因此，吡非尼酮不應與CYP1A2中效或強效抑制劑聯合使用。
在臨床試驗中發現吡非尼酮可以改善輕到中度特異性肺纖維化患者的肺功能指標，但尚未發現它能夠逆轉肺纖維化。
本品可能導致嚴重的光敏反應，長期暴露在光線下，有導致皮膚癌的可能。使用時要事先對患者進行詳細說明。
吡非尼酮可被多種CYP酶(CYP1A2、2C9、2C19、2D6、2E1)所代謝，故與其他藥物合用時，較易受其他藥物所引發的CYP酶活性抑制或誘導的影響。