吸附色譜利用固定相吸附中心對物質分子吸附能力的差異實現對混合物的分離，吸附色譜的色譜過程是流動相分子與物質分子競爭固定相吸附中心的過程。
基本原理
吸附劑
1．物理吸附又稱表面吸附，是因構成溶液的分子（含溶質及溶劑）與吸附劑表面分子的分子間力的相互作用所引起的。
a) 基本規律：“相似者易于吸附”，固液吸附時，吸附劑、溶質、溶劑三者統稱為吸附過程的三要素。
b) 基本特點：無選擇性、可逆吸附、快速。
c) 基本原理：吸附與解吸附的往復循環。
d) 三要素：吸附劑、溶質(被分離物)、溶劑。
色譜柱
物理吸附過程：吸附——解吸附——再吸附——再解析——直至分離
2．化學吸附
a) 基本特點：有選擇性、不可逆吸附。
b) 基本原理：產生化學反應。酸性物質與Al2O3發生化學反應；堿性物質與硅膠發生化學反應；Al2O3容易發生結構的異構化，應盡量避免。
3．半化學吸附
1）基本特點：介于物理吸附和化學吸附之間。
2）基本原理：以氫鍵的形式產生吸附。
如聚酰胺對黃酮類、醌類等化合物之間的氫鍵吸附，力量較弱，介于前兩者之間，也有一定的應用。
吸附劑
吸附劑的一般要求：較大的表面積與一定的吸附能力。不與展開劑起化學變化，不與待分離的物質產生反應或催化、分解或締合，顆粒均勻。
1．極性吸附劑
硅膠，氧化鋁均為極性吸附劑，特點為：
a) 對極性物質具有較強的親和能力，極性強的溶質將被優先吸附。
b) 溶劑極性較弱，則吸附劑對溶質將表現出較強的吸附能力。溶劑極性增強，則吸附劑對溶質的吸附能力隨之減弱。
c) 溶質即使被硅膠、氧化鋁吸附，但一旦加入極性較強的溶劑時，又可被后者置換洗脫下來。
極性強弱的判斷 (與功能基的種類、數目多少和排列方式有關) ：親水性基團與極性成正比，親脂性基團與極性成反比；游離型化合物極性弱、具親脂性，解離型化合物極性強、具親水性；溶劑的極性—依據介電常數來決定。
色譜試劑
2．聚酰胺
聚酰胺吸附劑可分包括錦綸6（聚己內酰胺）和錦綸66（聚己二酰己二胺），為氫鍵吸附，半化學吸附。聚酰胺分子中有許多酰胺基，聚酰胺上的C=O與酚基，黃酮類、酸類中的-OH或-COOH形成氫鍵。酰胺基中的氨基與醌類或硝基類化合物中的醌基或硝基形成氫鍵。由于被分離物質的結構不同，或同一類結構化合物中的活性基團的數目及位置的不同而是之于聚酰胺形成氫鍵的能力不同而得到分離。
3．活性炭
活性炭為非極性吸附劑，故與硅膠、氧化鋁相反，對非極性物質具有較強的親和能力，在水中對溶質表現出強的吸附能力。溶劑極性降低，則活性炭對溶質的吸附能力也隨之降低。吸附劑的吸附力一定時，溶質極性越強，洗脫劑的極性越弱。
操作方式
吸附薄層色譜法是指根據各成分對同一吸附劑吸附能力不同，使在移動相（溶劑）流過固定相（吸附劑）的過程中，連續的產生吸附、解吸附、再吸附、再解吸附，從而達到各成分的互相分離的目的。