在進行吸附柱色譜分離時，應根據樣品的性質、吸附劑的性能、流動相的極性三方面的影響因素加于選擇。一般的選擇規律是：樣品極性較大，在極性吸附劑柱上進行分離，則應選用吸附性較弱（即活性較低）的吸附劑，用極性較大的溶劑進行洗脫。組分的極性較弱，就應選用吸附性較強（即活性較高）的吸附劑，用極性較小的溶劑進行洗脫。
化合物極性與其結構有關。按結構的特征，各種有機物的極性大小順序為：
烷烴 <烯烴 <醚類 <硝基化合物 <酯類 <酮類 <醛類 <胺類 <醇類 <酚類 <酸類
常用溶劑的極性大小順序為：
石油醚 < 環己烷 < 四氯化碳 < 苯 < 乙醚 < 乙酸乙酯 < 丙酮 < 乙醇 < 水