以下是一些可以用于生產微生物絮凝劑的微生物種類：
細菌：
紅平紅球菌（Rhodococcus erythropolis）：1986年Kurane等人利用其研制成功微生物絮凝劑NOC - 1，對大腸桿菌、酵母、泥漿水、河水、粉煤灰水、活性碳粉水、膨脹污泥、紙漿廢水等均有極好的絮凝和脫色效果。
假單胞菌（Pseudomonas）：如從污水處理廠活性污泥中篩選出的一株假單胞菌可產生絮凝劑，當發酵液pH = 7.0，投量體積分數為2.5% ，助凝劑采用CaCl?且投量為1.0g/L時，對4.0g/L的高嶺土懸液的絮凝效果最佳，絮凝率為91.6%。
芽孢桿菌（Bacillus） ：許多芽孢桿菌菌株被發現具有產生絮凝物質的能力。
真菌：
醬油曲霉（Aspergillus souae）AJ7002 ：1976 年，Nakamura j.等人從霉菌、細菌、放線菌、酵母菌等菌種中篩選出19種具有絮凝能力的微生物，其中醬油曲霉AJ7002產生的絮凝劑效果較好。
擬青霉（Paecilomyces sp.）：1985年，Takagi H 等人研究的擬青霉素（Paecilomyces sp.l - 1）微生物產生的絮凝劑PF101對枯草桿菌、大腸桿菌、啤酒酵母、血紅細胞、活性污泥、纖維素粉、活性炭、硅藻土、氧化鋁等有良好的絮凝效果。
放線菌 ：也是較早被關注能產生微生物絮凝劑的一類微生物。 此外，在活性污泥、土壤、沉積物等環境中，還存在著許多未被充分研究和開發利用的微生物，也可能具有生產微生物絮凝劑的能力。隨著研究的不斷深入，新的微生物資源被不斷挖掘用于微生物絮凝劑的生產。
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