囊尾蚴病的臨床表現和病理變化為囊尾蚴寄生部位、數目、死活及局部組織的反應程度而不同。寄生在中樞神經系統的囊尾蚴以大腦皮質維多，是臨床上癲癇發作的病理基礎。寄生于第四腦室或側老室帶蒂的囊尾蚴結節可致腦室活瓣性阻塞，引起腦積水。寄生于軟腦膜可引起蛛網膜炎。寄生于顱底的葡萄狀腦為有容易引起囊尾蚴性腦膜炎，炎癥性腦膜粘連造成第四腦室正中孔與側孔阻塞，發生腦積水，亦可產生交通性老積水。顱內大量囊尾蚴寄生或腦積水，均引起顱內壓增高。囊尾蚴裂解后釋放的產物可導致明顯的炎癥反應，引起局部組織性水腫，炎癥細胞浸潤，研究發現TNF等參與了發病過程。 顱內有囊尾蚴寄生，破壞了腦組織防御功能的完整性，而乙腦型腦炎易感。尸檢發現約1/3的乙型腦炎病例并發腦囊尾蚴病，而其他疾病尸檢并發腦囊尾蚴病者僅0.04%—0.46%。位于皮下肌肉的囊尾蚴，在局部形成囊尾蚴結節，位于眼部的囊尾蚴常寄生在玻璃體，引起相應癥狀，而寄生在視網膜者常為視網膜剝離的原因。