根據發病季節與地區、個人衛生情況及有體虱孳生等流行病學資料，發熱與間歇交替出現的典型熱型，劇烈頭痛、全身肌肉疼痛、肝脾腫大等臨床癥狀，結合實驗室檢查從末梢血中檢出螺旋體，本病即可確診。
此外檢查患者衣服或身上的體虱中是否有螺旋體，也具有診斷價值。鐘氏曾觀察到在回歸熱流行期間，無論是在患者的潛伏期、發熱期或間歇期，或危重頻死階段，其身上或衣、被上體虱的體腔中均含有大量回歸熱螺旋體，采用暗視野直接鏡檢或作涂片染色檢查均極易找到。
蜱傳回歸熱患者的體溫曲線多不規則，血中螺旋體又較稀少，診斷有時較為困難，其診斷方法與診斷虱傳回歸熱相同。此外，被蜱叮螫部位的局部炎癥和相應的淋巴結腫大，以及鼠類及蜱的發現，也均有助于診斷。