在選擇固相萃取柱時，必須考慮柱容量知。由于我們面對的樣品基質通常都較為復雜，例如食品、生物樣品等等。在固相萃取中，固相萃取吸附劑對目標化合物吸附的同時，也會吸道附同類性質的雜質。因此，在回考慮柱容量是應該是目標化合物加上可被吸附的雜質總量不能超過柱容量。否則在載樣的過程中就可能有部分目標化合物不能被吸附，造答成回收率偏低。
