1、提供作物養分的作用
土壤有機質含有作物生長所需要的各種營養成分，隨著有機質的礦質化，不斷地釋放出來供作物和微生物利用，同時釋放出微生物生命活動所必需的能量。在有機質分解和轉化過程中，還可產生各種低分子有機酸和腐殖酸，對土壤礦物質部分都有一定的溶解作用，促進風化，有利于養分的有效化。此外，土壤有機質還能和一些多價金屬離子絡合形成絡合物進入土壤溶液中，增加了養分的有效性。
2、保水、保肥和緩沖作用
土壤有機質疏松多孔，又是親水膠體，能吸持大量水分。據研究資料表明腐殖物質的吸水率為5000～6000g/kg，而黏粒的吸水率只有500～600g/kg，腐殖質的吸水率是黏粒的10倍，能大大地提高土壤的保水能力。土壤有機膠體有巨大的表面能并帶有正、負電荷，且以帶負電荷為主,所以它吸附的主要是陽離子。其中作為養料離子的主要有K+、Ca2+、Mg2+等。這些離子一旦被吸附后就可避免隨水流失，起到保肥作用，而且隨時能被根系附近的H+或其他陽離子交換出來，供作物吸收，仍不失其有效性。
腐殖質保存陽離子養料的能力．要比礦物質膠體大幾十倍。因此，保肥力很弱的沙土增施有機肥料后，不僅增加了土壤中養分的含量，改善了土壤的物理性質，還可提高其保肥能力。腐殖酸是一種含有許多功能團的弱酸，有極高的陽離子交換量，因此它能增加土壤對酸堿變化的緩沖能力，有機質含量高的土壤緩沖能力強。
3、促進團粒結構的形成，改善土壤物理性質
土壤有機質在土壤中主要是以膠膜的形式包被在礦物質土粒的表面上。一方面，腐殖物質膠體的黏結力比沙粒強。因此，有機肥料施入沙土后可增加沙土的黏性，有利于團粒結構的形成。另一方面．由于土壤有機質松軟、絮狀多孔，而黏結力又不像黏土那么強。所以黏粒被它包被后，就變得松軟，易使硬塊散碎成團粒。這說明有機質能使沙土變緊，使黏土變松，改善了土壤的通氣性、透水性和保水性。
4、腐殖酸的生理活性
據研究資料表明，腐殖酸分子中含有酚、羧基等各種功能團．因而它們對植物的生理過程產生多方面的影響。腐殖酸能改變植物體內糖代謝，促進還原糖的累積，提高細胞滲透壓，從而提高了植物的抗旱能力。腐殖酸能提高酶系統的活性，加速種子發芽和養分的吸收，從而增加生長速度。腐殖酸能增加植物的呼吸作用。增強細胞膜的透性從而增加對養分的吸收能力。并加速細胞分裂增強根的發育。
5、減輕或消除土壤中農藥的殘毒和重金屬污染
土壤腐殖物質膠體具有絡合和吸附的作用，因而能減輕或消除農藥的殘毒和重金屬的污染。據研究資料報道，胡敏酸能吸收和溶解三氯雜苯除草劑和某些農藥。腐殖物質能與重金屬離子絡合，從而有助于消除土壤溶液中過量的重金屬離子對作物的毒害作用。