根據藻類細胞在地衣體內部的分布情況，通常在結構上，將地衣分為2種類型：
1、 異層地衣：藻類細胞聚集在上皮層之下，形成1層明顯的藻胞層。髓層介于藻胞層和下皮層之間，由一些疏松的菌絲構成。髓層中沒有或只有很少的藻細胞。這樣的構造稱為“異層地衣。梅衣屬（Parmelia）和蜈蚣衣屬（Physcia）。
2、 同層地衣：在橫切面上，上皮層之下沒有明顯的單獨的藻胞層結構，藻細胞在髓層菌絲中均勻地分布。這樣的構造稱為“同層地衣”。如貓耳衣屬（Leptogium）。
