包膜糖蛋白是埃博拉病毒包膜唯一的表面蛋白,具有2個閱讀框,分別編碼1個分泌型的小蛋白sGP（secreted GP）和1個全長的跨膜GP。sGP作為GP的早期產物被大量表達,以同型二聚體形式存在,包含C53-C53′和C306-C306′兩個二硫鍵,并且有6個N－連接糖基化位點,但只有5個始終保持糖基化；sGP可能與干擾免疫細胞對病毒的殺傷作用有關,然后再通過RNA編輯或框架漂移方式合成GP。全長GP位于病毒顆粒表面,為Ⅰ型跨膜蛋白,由GP1和GP2兩個亞單位形成三角裂杯狀的同源三聚體,并且高度糖基化,GP1在病毒和受體識別中發揮重要作用,而GP2主要介導病毒和包膜的融合。EBOV-GP可以通過多種攝取途徑結合侵入細胞,如網格蛋白介導的內吞作用、小胞/脂筏介導的內吞作用和胞飲途徑。