朱軍（1998）提出了用隨機效應的預測方法獲得基因型效應及基因型與環境互作效應，然后再用區間作圖法或復合區間作圖法進行遺傳主效應及基因型與環境互作效應的QTL 定位分析。該方法的遺傳假定是數量性狀受多基因控制，它將群體均值及QTL 的各項遺傳效應看作為固定效應，而將環境、QTL 與環境、分子標記等效應看作為隨機效應。
由于MCIM將效應值估計和定位分析相結合，既可無偏地分析QTL 與環境的互作效應，又提高了作圖的精度和效率。此外該模型可以擴展到分析具有加×加、加×顯、顯×顯上位的各種遺傳主效應及其與環境互作效應的QTL。
利用這些效應值的估計，可預測基于QTL 主效應的普通雜種優勢和基于QTL 與環境互作效應的互作雜種優勢，因而其具有廣闊的應用前景