ExPASy工具包包涵的程序
ComputepI/MW：是ExPASy工具包中的程序，計算輸入序列等電點和分子量的工具。對pI的確定基于早期研究中將蛋白質從由中性到酸性變性條件下遷移過程中所獲得的pK值（Bjellqvist等，1993）。分子量的計算是把序列中每個氨基酸的同位素平均分子量加在一起，再加上一個水分子的分子量。
用戶可以把序列整理為FASTA格式，或提供SWISS-PROT標識，或者是可唯一確定的添加號。若用戶提供了序列，該工具會自動計算全序列的
pI和分子量；若用戶提供的是SWISS-PROT標識，程序會顯示該條目的描述和物種記錄；如果用戶給出了一段序列片段范圍則計算將在該片段上進行，而不是針對整個序列。
對于堿性蛋白質，計算出的等電點偏差較大。
PeptideMass：是ExPASy工具包中的程序，針對肽段譜圖分析實驗分析蛋白質在各種蛋白酶和/或化學試劑作用下的內切產物。通過
PeptideMass可以預測水解結果的酶和試劑包括：胰蛋白酶（trypsin）、糜蛋白酶（chymotrypsin）、LysC、溴化氰、
ArgC、AspN和GluC（雙羧酯或磷酸酯）。半胱氨酸和甲硫氨酸可在計算產物肽段前加以修飾。若用戶提供的是SWISS-PROT標識，而不單是一段序列，PeptideMass還能利用SWISS-PROT庫中標注中的信息協助計算。例如，除去信號序列，后在剪切之前引入已知的翻譯后修飾。輸出結果會列成表格，其中將給出輸入蛋白的pI和分子量，然后是SWISS-PROT中關于變種的分子量、位點、修飾后變種的信息，最后是肽片段的序列。
FASTA工具包包涵的程序：ftp://ftp.virginia.edu/pub/fasta/
TGREASE：是FASTA工具包中的程序，沿蛋白質序列長度計算分析其疏水性性。這個程序延序列計算每個殘基位點的移動平均疏水性，并給出疏水性-序列曲線，用這個程序可以發現膜蛋白的跨膜區和高疏水性區的明顯相關性。TGREASE對預測球狀蛋白內埋區以及判斷待定跨膜序列等方面都有應用。可從Virginia大學得到，并可以作為獨立程序在Mac或Dos系統下運行。
疏水性預測的方法依賴于疏水性的衡量尺度，這里每個氨基酸根據其一系列的物理特性（例如，溶解性、跨越水－汽相時產生的自由能等），被賦予一個數值以代表其疏水性。具有更高正值的氨基酸具有更大的疏水性；而具有更低負值的氨基酸則更加親水。然后，沿蛋白質序列的疏水性的移動平均值，或者稱為親/疏水性索引被計算出來。窗口的寬度是可以調整的，這里推薦7－11殘基的窗口寬度以獲得更多的信息和更少的噪聲干擾。最后把結果繪制成親/疏水性－殘基序號的線形圖。要注意的是這種方法不僅僅預測跨膜區段，還預測所有的疏水區。
蛋白質序列統計分析方法（SAPS）：http://www.isrec.isb-sib.ch/software /SAPS_form.html
蛋白質序列統計分析，對提交的序列給出大量全面的分析數據，包括氨基酸組成統計、電荷分布分析、電荷聚集區域、高度疏水區域、跨膜區段等等。
當一個蛋白序列通過Web界面提交給SAPS，服務器會返回一大堆關于該蛋白的物理和化學性質的信息，這些都是僅僅通過序列本身就可以分析出來的。輸出的結果最先是按種類對氨基酸的統計計數；隨后是電荷分布分析，包括正/負電荷聚集區的位置，高度帶電和不帶電區段，以及電荷的傳播和模式等；最后的部分給出了高疏水性和跨膜區段、重復結構和多重態、以及周期性分析。