蛋白組是指細胞內全部蛋白的存在及活動方式，即基因組表達產生的總蛋白質的統稱。功能蛋白質組指那些可能涉及到特定功能機理的蛋白質群體。主要研究方法為蛋白質雙向電泳。通過高效液相色譜、質普對蛋白質序列進行分析，在借用分子生物學的手段則可以進行目的基因的分離。如：應用PCR進行分離目的基因：通過對蛋白質的序列分析，可以通過密碼子的簡并性設計簡并引物，可利用RT-PCR得到目的基因的全長；應用核算雜交篩選法分離目的基因：即利用簡并寡核苷酸探針篩選cDNA或基因組文庫；免疫雪篩選法分離目的基因：是通過蛋白的特異抗體與目的蛋白的專一結合，從表達文庫中分離目的基因的蛋白基因。空心纖維細胞培養系統