1．限制性片段長度多態性（Restriction Fragment Length Polymorphism，RFLP）：由DNA 的多態性，致使DNA 分子的限制酶切位點及數目發生改變，用限制酶切割基因組時，所產生的片段數目和每個片段的長度就不同，即所謂的限制性片段長度多態性，導致限制片段長度發生改變的酶切位點，又稱為多態性位點。最早是用Southern Blot/RFLP方法檢測，后來采用聚合酶鏈反應（PCR）與限制酶酶切相結合的方法。現在多采用PCR-RFLP法進行研究基因的限制性片段長度多態性。
2．單鏈構象多態性（SSCP）：是一種基于單鏈DNA構象差別的點突變檢測方法。相同長度的單鏈DNA如果順序不同，甚至單個堿基不同，就會形成不同的構象。在電泳時泳動的速度不同。將PCR產物經變性后，進行單鏈DNA凝膠電泳時，靶DNA中若發生單個堿基替換等改變時，就會出現泳動變位（mobility shift），多用于鑒定是否存在突變及診斷未知突變。
3．PCR-ASO探針法（PCR-allele specific oligonucleotide, ASO）：即等位基因特異性寡核苷酸探針法。在PCR擴增DNA片段后，直接與相應的寡核苷酸探雜交，即可明確診斷是否有突變及突變是純合子還是雜合子。其原理是：用PCR擴增后，產物進行斑點雜交或狹縫雜交，針對每種突變分別合成一對寡核苷酸片段作為探針，其中一個具有正常序列，另一個則具有突變堿基。突變堿基及對應的正常堿基勻位于寡核苷酸片段的中央，嚴格控制雜交及洗脫條件，使只有與探針序列完全互補的等位基因片段才顯示雜交信號，而與探針中央堿基不同的等位基因片段不顯示雜交信號，如果正常和突變探針都可雜交，說明突變基因是雜合子，如只有突變探針可以雜交，說明突變基因為純合子，若不能與含有突變序列的寡核苷探針雜交，但能與相應的正常的寡核苷探針雜交，則表示受檢者不存在這種突變基因。若與已知的突變基因的寡核苷探針勻不能雜交，提示可能為一種新的突變類型。
4. PCR-SSO法：SSO技術即是順序特異寡核苷酸法（Sequence Specific Oligonucleotide, SSO）。原理是PCR基因片段擴增后利用序列特異性寡核苷酸探針，通過雜交的方法進行擴增片段的分析鑒定。探針與PCR產物在一定條件下雜交具有高度的特異性，嚴格遵循堿基互補的原則。探針可用放射性同位素標記，通過放射自顯影的方法檢測，也可以用非放射性標記如地高辛、生物素、過氧化物酶等進行相應的標記物檢測。
5. PCR-SSP法：序列特異性引物分析即根據各等位基因的核苷酸序列，設計出一套針對每一等位基因特異性的（allele-specific）、或組特異性 (group-specific)的引物，此即為序列特異性引物（SSP）。SSP只能與某一等位基因特異性片段的堿基序列互補性結合，通過PCR特異性地擴增該基因片段，從而達到分析基因多態性的目的。
6. PCR-熒光法：用熒光標記PCR引物的5’端，熒光染料FAM和JOE呈綠色熒光，TAMRA呈紅色熒光，COUM 呈蘭色熒光，不同熒光標記的多種引物同時參加反應，PCR擴增待檢測的DNA，合成的產物分別帶有引物5’端的染料，很容易發現目的基因存在與否。
7. PCR-DNA測序：是診斷未知突變基因最直接的方法，由于PCR技術的應用，使得DNA 測序技術從過去的分子克隆后測序進入PCR直接測序。PCR產物在自動測序儀上電泳后測序。常用方法有：Sanger雙脫氧末端終止法;Maxam-Gilbert化學裂解法；DNA測序的自動化。目前DNA順序全自動激光測定法是最先進的方法。
8. PCR指紋圖法（PCR-fingerprints）：實用于快速的同種異型DR/Dw配型。在DR/DW純合子及雜合子個體中，每種DR單倍型及每種單倍型組合所產生的單鏈環狀結構的大小、數目和位置各異，由于同質雙鏈和異質雙鏈之間的分子構象不同。因此，在非變性聚丙烯酰胺凝膠電泳時，它們的遷移率各不相同，從而獲得單倍型特異的電泳帶格局即PCR指紋。也有人用人工合成的短寡核苷酸片段作為探針，同經過酶切的人體DNA作Southern blot，可以得出長度不等的雜交帶，雜交帶的數目和分子量的大小具有個體特異性，除非同卵雙生，幾乎沒有兩個人是完全相同的，就象人的指紋一樣，人們把這種雜交帶圖形稱為基因指紋(gene finger-printing)。
9. 基因芯片法：又稱為DNA 微探針陣列（Micro array）。它是集成了大量的密集排列的大量已知的序列探針，通過與被標記的若干靶核酸序列互補匹配，與芯片特定位點上的探針雜交，利用基因芯片雜交圖象，確定雜交探針的位置，便可根據堿基互補匹配的原理確定靶基因的序列。這一技術已用于基因多態性的檢測。對多態性和突變檢測型基因芯片采用多色熒光探針雜交技術可以大大提高芯片的準確性、定量及檢測范圍。應用高密度基因芯片檢測單堿基多態性，為分析SNPs提供了便捷的方法。