用常規方法進行基因打靶研究需耗費大量的時間和人力。研究者必須針對靶位點在染色體組文庫中篩選相關的染色體組克隆，繪制相應的物理圖譜，構建特異性的打靶載體以及篩選中靶ES細胞等。通常一個基因剔除純合子小鼠的獲得需要一年或更長的時間。面對人類基因組計劃產生出來的巨大的功能未知的遺傳信息，傳統的基因剔除方法顯得有些力不從心,因此,基因捕獲法應運而生。
利用基因捕獲可以建立一個攜帶隨機插入突變的ES細胞庫，節省大量篩選染色體組文庫以及構建特異打靶載體的工作及費用，更有效和更迅速地進行小鼠染色體組的功能分析。基因捕獲的策略.典型的基因捕獲載體包括一個無啟動子的報道基因，通常是neo基因。neo基因插入到ES細胞染色體組中，并利用捕獲基因的轉錄調控元件實現表達的ES克隆可以很容易地在含G418的選擇培養基中篩選出來。
從理論上講，在選擇培養基中存活的克隆應該100%地含有中靶基因。中靶基因的信息可以通過篩選標記基因側翼cDNA或染色體組序列分析來獲得。用基因捕獲法在單次實驗中可以獲得數以百計的帶有單基因剔除的ES克隆。這些克隆可以在96孔培養板中生長復制并用于基因型分析。大規模地保存和分析中靶ES細胞在小型的實驗室中也是可行的.此方法的缺點是只能剔除在ES細胞中表達的基因。單種的細胞類型中表達的基因數目約為104。
基因捕獲載體從理論上來講應能剔除所有在ES細胞表達的基因，因此，在ES細胞中進行基因捕獲還是大有可為的。1997年后，克隆技術接連取得重要突破，用哺乳動物體細胞可以克隆出新個體。可以設想在體細胞中應用基因捕獲可以剔除更多在發育晚期才表達的基因，其后通過核移植技術獲得帶有突變基因的動物個體，這不失為一種可以彌補以上缺陷的辦法。用基因捕獲法進行基因剔除的另一個缺點是無法對基因進行精細的遺傳修飾。