1．焦磷酸測序法
測序法的基本原理是雙脫氧終止法，是進行基因突變檢測的可靠方法，也是使用最多的方法。但其過程繁瑣、耗時長，靈敏度不高，對環境和操作者有危害，故在臨床應用中存在一定的限制。
2．單鏈構象異構多態分析技術
依據單鏈DNA在某一種非變性環境中具有其特定的第二構象，構象不同導致電泳的遷移率不同，從而將正常鏈與突變鏈分離出來。與測序法相比，靈敏性更高。
3．聚合酶鏈反應-限制性片段長度多態性分析技術
通過聚合酶鏈反應擴增出可能包含突變的基因組片段，然后利用限制性內切酶對這些聚合酶鏈反應片段進行酶切，電泳檢測后根據酶切片段的長度差異來判斷是否存在突變位點。該法一般用于檢測已知的突變位點。
4．探針擴增阻滯突變系統
又稱等位基因特異聚合酶鏈反應，是利用TapDNA聚合酶缺少3′到5′外切酶活性，聚合酶鏈反應引物的3′端末位堿基必須與其模板DNA互補才能有效擴增的原理。通過設計適當的引物以檢測突變基因。
5．高分辨率溶解曲線分析技術
利用不同長度或不同堿基組成的DNA序列溶解曲線不同的原理，在聚合酶鏈反應后直接運行高分辨率溶解即可完成對樣品突變分析。該技術是一種靈敏度100%的表皮生長因子受體基因突變篩選技術，可用于體細胞突變的檢測。
6．高效液相色譜法
該方法是基于發生錯配的雜合雙鏈DNA與完全匹配的純合雙鏈DNA解鏈特征的差異而進行檢測的，可檢測出含有單個堿基的置換、插入或缺失的異源雙鏈片段。與測序法相比，該法簡單、快速，不僅可用于已知突變的檢測，還可用于未知突變的掃描。但只能檢查有無突變，不能檢測出突變類型，結果判斷容易出錯。
7．微數字聚合酶鏈反應
該方法為將樣品作大倍數稀釋和細分，直至每個細分試樣中所含有的待測分子數不超過1個，再將每個細分試樣同時在相同條件下聚合酶鏈反應后，通過基因芯片逐個計數。該方法為絕對定量的方法。