從目前研究結果來看，基因印跡的發生主要有以下兩種機理：
一方面，研究發現，基因組印跡的分子機理與印跡基因DNA中胞嘧啶甲基化尤其是CpG島的甲基化密切相關，胞嘧啶甲基化是DNA的一種共價修飾。另外還有特殊的染色質結構和反義轉錄產物等可能都是基因印跡產生和維持的重要因素。
基因印跡中，卵子和精子中對同一基因的不同程度的甲基化，幾乎所有的印跡基因都有一些序列成份在兩個不同親本來源的等位基因中僅有一方是甲基化。這些序列被稱為“差異甲基化區域“（Differentially Methylated Regions）。
它指基因組在傳遞信息的過程中，對基因或DNA片段打下標記或烙印的過程。
另一方面，組蛋白的修飾也被證實參與了基因組印跡（“Genomic imprinting beyond DNA methylation: a role formaternal histones”這篇文章中有詳細的闡述）。