同源序列比對是生物信息學最普遍使用的分析方法之一，其中，編碼蛋白質DNA序列比對最為常見，對比較基因組學、分子進化學、系統發育等領域具有重要的基礎意義。為獲取相應的比對結果，通常采用的方法是將蛋白序列的比對結果“回譯”（back-translate）成DNA比對序列，這樣的比對結果比直接進行DNA序列比對更可靠、準確。為此，科學家提出了多個不同的工具，采用的策略都是先進行蛋白質序列比對，然后將比對結果回譯成DNA比對。然而，這些工具每次只能處理一組同源數據，無法實現多組同源序列的對比工作。
鑒于傳統工具所產生的弊端，基因組所科研人員開發了ParaAT，成功解決了此項科研難題。ParaAT可實現多組同源編碼蛋白質DNA序列的并行比對，不僅解決了大規模、多組同源序列的比對工作，同時也大大降低了運行時間，獲得了較好的并行加速比（speedup），適合海量數據的分析工作。
ParaAT可在不同操作系統下運行，支持多種不同的輸出格式，方便后續相關的生物信息學分析（如用于檢測自然選擇壓力的KaKs_Calculator）。
在國家自然科學基金項目（批準號：32125009、32430017）等資助下，西安交通大學葉凱團隊在基因組三維結構演化領域取得新進展。研究團隊創建了染色質長距離互作捕捉計算方法和跨物種分析手段，首次勾......
自21世紀初具有里程碑意義的人類基因組解碼工作完成以來，DNA測序技術迎來了爆發式發展。傳統計算機已難以滿足海量的數據與激增的算力需求，這推動人們尋求替代方案。如今，量子計算距離實用又近了一步。科學家......
蛋白質形成復雜三維結構的速度甚至比DNA還要快。科學家首次直接測量出普通單個蛋白質折疊所需的時間，結果令人意外——蛋白質的氨基酸序列、分子大小與其折疊形成三維結構的耗時之間并無關聯。盡管蛋白質的組成成......
人工智能（AI）蛋白質結構預測工具“阿爾法折疊”迎來重要升級。17日最新發布的“阿爾法折疊”數據集首次大規模納入蛋白質復合物結構預測數據，數百萬個由AI預測的蛋白質復合物結構向全球科研人員開放。這一成......
記者1月7日從西湖大學獲悉，該校生命科學學院曹龍興實驗室和醫學院解明岐實驗室合作，從頭設計出一系列能夠控制蛋白質“組隊”的“遙控器”——可被小分子藥物精準調控的蛋白質多聚化系統。這意味著，科學家可以像......
南亞地區的人們以酸奶、印度奶酪和印度酥油等乳制品為食。現在，這一地區正幫助解開一個長期存在的謎題：人類是如何獲得消化牛奶的能力的。一項針對印度、巴基斯坦和孟加拉國現代及古代人類基因組的研究表明，一種能......
美國艾倫研究所和霍華德·休斯醫學研究所科學家通過蛋白質工程技術，改造出一種特殊蛋白，名為iGluSnFR4，這是一種分子級“谷氨酸指示器”，可用于實時觀察大腦中神經元的交流過程。這一成果有助破譯大腦隱......
一項發表在最新一期《自然》雜志上的研究，通過對生活在10200至150年前的南非個體基因組進行分析，證實了在南部非洲，一群智人在半隔離的狀態下生活了數十萬年。這是迄今規模最大的對非洲古代DNA的研究，......
圖AI與化學生物學知識相融合設計超穩定性蛋白質模塊在國家自然科學基金項目（批準號：22222703、22477058）等資助下，南京大學鄭鵬團隊在蛋白質的可控設計及其穩定性研究方面取得進展，相關工作以......
近日，中國醫學科學院北京協和醫院趙海濤團隊與中國醫學科學院蛋白質組研究中心/基礎醫學研究所質譜中心孫偉團隊攜手攻關，在膽管癌治療領域取得重大突破。他們的研究首次將尿液蛋白質組學與單細胞、空間轉錄組學相......