轉錄因子(transcription factor)是起調控作用的反式作用因子。轉錄因子是轉錄起始過程中RNA聚合酶所需的輔助因子。真核生物基因在無轉錄因子時處于不表達狀態，RNA聚合酶自身無法啟動基因轉錄，只有當轉錄因子(蛋白質)結合在其識別的DNA序列上后，基因才開始表達。轉錄因子的結合位點（transcription factor binding site，TFBS）是轉錄因子調節基因表達時，與mRNA結合的區域。按照常識，轉錄因子（transcription factor，TF）的結合位點一般應該分布在基因的前端，但是，新的研究發現，人21和22號染色體上，只有22%的轉錄因子結合位點分布在蛋白編碼基因的5'端。
這篇文章的試驗方法是，通過高密度的寡核苷酸芯片，反映出人21和22號染色體的幾乎所有的非重復序列，通過這種芯片，檢測三種轉錄因子，Sp1、 cMyc、和p53的結合位點。結果表明，每種轉錄因子都有大量的TFBS與之結合。然而，只有22%的轉錄因子結合位點分布在蛋白編碼基因的5'端， 36%的TFBS分布在蛋白編碼基因的中部或3'端，并且這36%的TFBS常常和基因組中的非蛋白編碼RNA分布在一起。這暗示，在人的基因組中，不僅包含蛋白編碼基因，也包含數量相當的非編碼基因（noncoding genes），他們都受常見的轉錄因子所調控。