（3）插入表達篩選法
與插入失活相反，插入表達法是外源目的基因插入特定載體后，能激活用于篩選操作的標記基因的表達，由此進行轉化子的篩選。設計載體時，在篩選標記基因前面連接一段具有抑制作用的負調控序列，插入外源DNA將使該負調控序列失活，其下游的篩選標記基因才能表達。例如質粒pTR262有一個負調控的cI基因，當外源DNA片段插入cI基因中的BcII或Hind
III位點，造成cI基因失活，位于cI基因下游的Tet基因（受cI基因控制）因解除阻遏而被表達，轉化后的重組體細胞，在含有四環素的平板中可形成菌落；而未被酶解的質粒，自身環化質粒的轉化細胞及未轉化受體細胞均不能形成菌落。
（4）環絲氨酸篩選
這種篩選方法只使用于抗四環素的基因插入失活的重組克隆篩選。
如：四環素抗性插入失活
如果在Tetr上插入外源DNA，導致四環素抗性基因失活，可用四環素加環絲氨酸平板培養基選擇重組克隆。
Tetr失活的菌生長被四環素抑制，不被環絲氨酸殺死，保留下來；
Tetr不失活的菌抗四環素，能分裂生長，反而被環絲氨酸殺死。
（5）顯色反應篩選法
上面所述的抗藥性等篩選法是用插入失活原理篩選重組DNA的方法。對菌落或噬菌斑平板進行影印復制，通過兩個平板的比較，才能辨別插入失活的表型特征。這給篩選工作帶來許多麻煩。
顯色反應可以在平板上或膜上直接顯示出重組克隆，不僅方便而且靈敏。如：在某些載體如M13噬菌體載體，pUC質粒系列、pGEM質粒系列，它們的載體上都攜帶lac
z'基因一段序列，它編碼β-半乳糖苷酶的α肽，而宿主細胞為lac
z△M15的突變株。當將上述載體的轉化細胞培養在含有X-gal和IPTG平板中，由于基因內互補作用，產生有生物活性的β-半乳糖苷酶，把培養基中的無色X-gal分解成半乳糖和呈藍色的5-溴-4氯-靛藍，使菌落呈藍色。
若將外源DNA插入到載體上lac z￠ 序列中，使α-肽基因失活，失去α－互補作用，將重組體轉化細胞培養在含有X-gal-IPTG平板上，菌落無色。利用β-半乳糖苷酶顯色反應即可挑選出含有外源DNA重組體的陽性克隆
2. 報告基因
報告基因是某種生物的特定基因，裝配在載體上成為載體結構的一部分，具有指示的功能。與抗藥性基因相比較，報告基因作為篩選方法有更高的靈敏度和準確性，在基因工程中的重要性要大得多。
報告基因的表達產物易被檢測，受體細胞本身沒有這種內源性產物。通過快速測定，“報告”外源基因是否已經重組到載體中，判斷外源基因是否已成功地導入宿主細胞（器官或組織），或者在宿主細胞中是否表達。細胞內報告基因產物常作為直接觀察載體活動的指示分子。把已知的調控元件連接到報告基因上，控制后者轉錄活性，對細胞中基因調控和表達的變化作出應答反應，從而直觀地“報告”細胞內有關基因表達的信號傳遞。
在基因工程實驗中，選用何種報告基因依賴于所使用的細胞和實驗的性質，以及相應檢測方法的掌握。選擇報告基因的準則包括（1）報告分子（報告基因的產物）應不存在于原有宿主細胞中，或者易與內源性基因產物相區別；（2）報告分子應該有一個簡單、快速、靈敏及經濟的分析方法來檢測；（3）啟動報告分子表達應有很寬的信號范圍，以便分析啟動子活性的幅度變化；（4）報告基因的表達必須不改變受體細胞本來的生理活動。
基因工程中常用的報告基因：
如：（1）氯霉素乙酰轉移酶（chloraphenicol acetyltransferase，CAT）基因——氯霉素可選擇性地與原核細胞核糖體50S亞基結合，抑制肽酰基轉移酶的活性，從而阻斷肽鍵的形成并最終抑制細胞生長。
（2）β-葡萄糖酸苷酶（β-Glucuronidase，GUS）基因：一種水解酶，轉化植物細胞所產生的β-葡萄糖酸苷酶能夠催化某些特殊反應的進行，通過熒光、分光光度和組織化學的方法對這些特殊反應產物的檢測即可確定Gus報告基因的表達情況，以此區分轉化子和非轉化子。
（3）熒光素酶（luciferase，LUC）基因——一種源于螢火蟲的動物蛋白基因產物，能夠催化生物發光反應。
3. 依賴于重組子結構特征分析的篩選方法
（1）快速裂解菌落鑒定分子大小 ——根據有外源DNA片段插入的重組質粒與載體DNA之間大小的差異來區分重組子和非重組子
（2）限制性核酸內切酶酶解分析法——不僅可以進一步篩選鑒定重組子，而且能判斷外源DNA片段的插人方向及分子質量大小等
將重組DNA分子限制酶切點圖譜與空載體圖譜作對比，根據各種酶切所得DNA片段的大小及變化，即可推測有無外源DNA的插入，并確定出各插入片段的相對位置。
（3）利用PCR方法篩選確定重組子
利用合適的引物，以從初選出來的陽性克隆中提取的質粒為模板進行PCR反應，通過對PCR產物的電泳分析來確定目的基因是否重組入載體中。
（4）DNA序列測定
最后為了確證目的基因序列的正確性，必須對重組體的DNA進行序列測定。
4. 物理檢測法
（1）凝膠電泳檢測法
質粒DNA的電泳遷移率是與其分子量大小成比例的。因此，那些帶有外源DNA插入序列的分子量較大的重組體DNA，在凝膠中的遷移速度，就要比不具有外源DNA插入序列的分子量較小的質粒DNA來得緩慢些根據這種差別，就可以容易地鑒定出哪些菌落是含有具外源NDA插入序列的分子量較大的重組質粒。
（2）R-環檢測法
在臨近雙鏈DNA變性溫度下和高濃度（70%）的甲酰胺溶液中，即所謂的形成R-環的條件下，雙鏈的DNA-RNA分子要比雙鏈的DNA-DNA分子更為穩定。因此，將RNA及DNA的混合物置于這種退火條件下，RNA便會同它的雙鏈DNA分子中的互補序列退火形成穩定的DNA-RNA雜交分子，而使被取代的另一鏈處于單鏈狀態。這種由單鏈DNA分支和雙鏈DNA-RNA分支形成的“泡狀”體，叫做R-環結構。R-環結構一旦形成就十分穩定，而且可以在電子顯微銳下觀察到。所以，應用R-環檢測法，可以鑒定出雙鏈DNA中存在的與特定RNA分子同源的區域。