基因頻率=某基因的數目/全部等位基因的總數*100%
以A，a為例，基因頻率為A的頻率或a的頻率，兩者之和為1。基因型的頻率為AA或Aa或aa的頻率，三者之和為1.另外如aa的頻率為16%，則a的頻率為40%，因為aa基因型頻率即為兩次a出現的概率為40%*40%=16%。
設二倍體生物個體的某一基因座上有兩個等位基因A和a，假設種群中共有N個個體，而AA、Aa、aa三種基因型的個體數分別為n1、n2、n3，那么種群中A基因的頻率和AA基因型的頻率分別是：
①A基因的頻率=A基因的總數/（A基因的總數+a基因的總數）=(2n1+n2)/2N 或 n1/N+n2/2N
②AA基因型的頻率=AA基因型的個體數/該二倍體群體總數=n1/N。
基因頻率與基因型頻率的計算關系，由上述①②推得：A基因的頻率=n1/N+1/2·n2/N=AA基因型的頻率+1/2·Aa基因型的頻率。
基因頻率用途
種群中某一基因位點上各種基因的頻率與各種基因型的頻率之和等于1。對于一個種群，理想情況下，種群的基因頻率在各代中保持穩定。
但在自然條件下，受基因突變、基因重組、自然選擇、遷徙和遺傳漂變的影響。 種群的基因頻率是不斷變化的，這使得生物體不斷地發展和進化。 因此，計算某個群體的基因頻率有助于了解該群體的進化。