蒿甲醚口服后易吸收，30分鐘后血藥濃度達峰值。在體內分布甚廣，以腦組織最多，肝、腎次之。主要通過腸道排泄，其次為尿排泄。苯芴醇口服吸收慢，給藥后4～5小時血藥濃度達峰值。在體內停留時間長，t 1/2為24～72小時。
