外科治療的目的是通過增加腸吸收面積或減慢腸運輸時間（延緩食糜排空）以增加小腸的吸收能力。
1.減慢腸運輸的有關手術方式
（1）小腸腸段倒置術 將一段小腸倒置吻合使倒置的腸管呈逆蠕動，能減慢腸運輸和改變肌電活動，有利于營養物質的吸收。
（2）結腸間置術 利用結腸蠕動緩慢且腸段蠕動沖擊少見的特點，將結腸間置于空腸或回腸間，延長腸運輸時間。
（3）小腸瓣或括約肌再造術 廣泛切除小腸同時又切除了回盲部的病人預后極差，本術式主要為此類病例所設計。
2.增加腸表面面積的手術方式
小腸縮窄延長術：將一段小腸，沿長軸切開一分為二，并注意將腸系膜血管分開，以保持各自的血供，分別縫合成為兩個細的腸管，其直徑為原腸管的一半長度。該手術方式適合腸段擴張的病人特別是患兒，但有潛在的并發癥如吻合處多發粘連及狹窄。
3.小腸移植
是治療短腸綜合征最理想和最有效的方法，其適應于需要永久依賴TPN的患者。但由于較高的死亡率以及排斥反應等并發癥，使其尚不能在臨床廣泛開展。