對具有上述一種或數種癥狀而有明確家族史者,應考慮MEN的可能性。對有關的內分泌腺體做必要的生化檢查及激素測定，或各種功能試驗、 X射線定位檢查及CT掃描、核磁共振顯像后，均不難做出診斷。對同一家系的成員應做調查或篩選性檢查，以發現輕型或無癥狀的病人，進行早期診斷與治療。
MEN的臨床表現決定于其占優勢的病變,其臨床病程在不同病人是完全不相同的，主要決定于所累及的內分泌腺體和腫瘤是否分泌激素，所分泌激素的濃度及其生物活性如何,有的病人在發現一種內分泌腺體疾病后,需待數年或數十年后再出現第二種內分泌腺體病變，故在考慮診斷MEN時需注意上述特點。
由于多發性內分泌瘤綜合征患者的子女約半數可患這種遺傳性疾病，因此篩查對早期診斷及治療很重要。應根據臨床懷疑患者患何種內分泌腫瘤而選擇。如果患者患有MEN-1綜合征中三種主要腫瘤中的兩種，即使臨床上無MEN-1中另外一種主要內分泌腫瘤表現，也應進行實驗室檢查和其他檢查。