多肽質譜儀類型有多種。1、按分析目的可分：實驗室多肽質譜儀和工業多肽質譜儀。2、按質量分析器的工作狀態可分：靜態多肽質譜儀和動態多肽質譜儀。3、按分析規模可分：小型多肽質譜儀和大型多肽質譜儀。4、按聯用方式可分：多肽液相色譜質譜聯用儀、多肽毛細管電泳質譜聯用儀和多肽串聯質譜儀等。5、按質量分析器的工作原理可分：四極桿多肽質譜儀、離子阱多肽質譜儀、飛行時間多肽質譜儀和離子回旋共振多肽質譜儀等。
