凝血酶(thrombin)是血液凝固和止血過程中的中心酶，它不但能剪切纖維蛋白原，將纖維蛋白原轉化為纖維蛋白：還能激活其它的凝固血液的酶類，如凝血因子Ⅴ 、Ⅶ、Ⅻ和抗凝血酶蛋白C（Fenton）等。凝血酶與大分子底物的相互作用取決于三個不同的區域：催化反應位點的初級結合位點c（Magnusen）鄰近催化位點的非極性結合位點AB和負責凝血酶與纖維蛋白原專一性作用的陰離子結合位點(識別位點)，水蛭素的N端能封阻凝血酶的活性位點，其疏水結構域與凝血酶的非極性結合位點（AB)互補，該非極性結合位點靠近凝血酶的催化中心。水蛭素C末端有6個酸性氨基酸，能與帶正電的凝血酶識別位點形成許多離子鍵。