6. 更改ParameterCondition中默認的Normal至AT rich。默認顯示Normal說明我們所上傳VP1 gene的序列中GC含量位于40%-65%的正常范圍內。高于65%屬于GC rich;低于40%屬于AT rich。
7. 再次點擊Generate時平臺顯示有1000或高于1000套引物生成。此時,按照Tip 1要求挑選對應引物組合。
8. 點擊Display,SortingRule選擇None。這時可呈現F1c和B1c位置平行遷移的引物組合。從高達1000套引物中我們可以找到很多套符合Tip 1要求的引物組合,比如第16套與第39套。它們的F1c和B1c是完全互補的。
Tip 2:我們也選擇SortingRule為Dimer,這樣呈現的引物組合是以引物二聚體的穩定性從低到高排列的。二聚體穩定性越低,引物性能越好。
9. 確定選擇第16和39套引物組合后,我們只需要第16套引物的B1c、B2和B3位點,第39套引物的F3、F2和F1c位點作為IMSA引物位點,因為是前者的B1c和后者的F1c重疊。反過來,如果是前者的F1c和后者的B1c重疊,所選位點剛好互換。
10. 再利用每套引物設計環引物,但只取第16套引物的下游環引物LB和第39套的上游環引物LF作為IMSA引物位點。
如何設計環引物,這里以第16套引物為例:
(1)選擇該套引物,點擊Confirm;
(2)在接下來的頁面中點擊Primerinformation,系統自動下載一個文檔;