開始試驗前,應了解柱中當前是何種溶劑。對于新色譜柱,如無特殊說明均為評價報告中所用流動相。柱中當前溶劑一定要與分析樣品所用流動相互溶,如不能混溶,要用與二者均能相互混溶的第三種溶劑過渡。異丙醇是能與各種溶劑混溶的試劑,可作為中介流動相使用。反相鍵合硅膠柱適宜的保存環境是純甲醇,如分析用流動相為緩沖液2有機溶劑,可先用較低甲醇含量(<20%)的甲醇2水置換掉原來的純甲醇,再進分析用流動相，以防止在柱內發生鹽的沉淀；試驗結束后,要及時用適當的溶劑沖洗系統并最終過渡到純甲醇沖洗,對于含有緩沖鹽的流動相，辦法是先用與分析用流動相組成完全相同但不含緩沖鹽的溶液進行沖洗，再逐步過渡到純甲醇沖洗。多數報道沖洗液體積大約為柱容積的15～20倍,但最終要以基線是否平直、壓力是否穩定決定。有些廠家的色譜柱標明了流動相中有機相的較低使用濃度為≥5%,使用時應給予注意。
注意溫度和酸堿度
一般以硅膠為基質的色譜柱使用溫度不超過60℃，以低于40℃為宜，特別是在流動相pH接近使用限度時，更應降低使用溫度。溫度過高會加快鍵合相的水解和硅膠的溶解，從而，使填料性質改變，柱床塌陷，降低柱效，改變峰形。目前的鍵合硅膠色譜柱標示的pH適用范圍可達2～10,但在實際使用時應避免pH條件,特別是在偏堿性的條件(pH≥8)下使用,如必須要在不正常的pH條件下使用時,可通過以下方法避免柱損害：
(1)在泵和進樣閥之間加裝預柱(飽和柱)來飽和流動相；
(2)降低使用溫度；
(3)檢驗完畢后立即用與所使用的流動相互相混溶的“溫和溶劑”徹底清洗；
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