1.Pathway功能分析及顯著性判斷 對差異表達基因進行Pathway功能分析，并計算Pvalue進行顯著性判斷，Pvalue越小，表明該pathway變化越顯著，并可對每條Pathway通路圖進行展示，同時在相應的位置標注差異表達基因。 2.Pathway中基因相關性分析 根據每兩個基因共出現在同一pathway中的次數統計，繪制基因共相關點線圖，進而得到不同pathway上基因的關聯情況。在分析工具上點擊“celldifferentiation”，在“TermInformation”中描述了細胞分化術語的基本信息，包括樹形及與父結點、子節點關系。 對于未知基因名的序列，可以用序列直接檢索GO數據庫。點擊AmiGO首頁上方的“BLAST”，進入檢索界面。在檢索框輸入氨基酸或核酸序列或上傳序列文件，檢索工具能自動識別并相應地選擇BLASTP或BLASTX來與數據庫中的序列進行比對。以大腸桿菌DNA聚合酶Ⅱ基因polB為例，“HighScoringGeneProducts”欄內顯示基因產物的名稱、物種信息、p值。