如果存在細胞系之間發生交叉污染，而且鑒定用的細胞可能有兩種以上的細胞系時，那么在進行STR位點檢測的時候，多個位點會出現兩個以上的峰。峰高值表示該等位基因的信號強度，理論上峰值與樣本的DNA濃度有直接的關系。因此，存在交叉污染的混合細胞系中，其中一個位點中某些峰會明顯高于其他的峰，其中大峰是屬于混合細胞系中那個主要細胞系，而小峰則屬于那個次要細胞系。值得注意的是，當發生兩個或以上細胞混合的時候，檢測結果看起來非常像細胞系的“遺傳不穩定”——當一個細胞系存在亞群時，尤其是一些癌細胞系，由于遺傳不穩定的存在，在一些位點的STR特性會不同。因此經驗豐富的分子專家是非常重要的，他能夠幫助分析復雜的電泳圖譜（STR峰圖），從而判斷是否由于發生細胞系交叉污染而導致多等位基因情況。