大多數病毒性腦膜炎或腦炎的診斷有賴于排除顱內其他非病毒性感染、Reye綜合征等常見急性腦部疾病后確立。少數患者若明確地并發于某種病毒性傳染病、或腦脊液檢查證實特異性病毒抗體陽性者，可直接支持顱內病毒性感染的診斷。
1.顱內其他病原感染
主要根據腦脊液外觀、常規、生化和病原學檢查，與化膿性、結核性、隱球菌腦膜炎鑒別。此外，合并硬膜下積液者支持嬰兒化膿性腦膜炎。發現顱外結核病灶和皮膚PPD試驗陽性有助于結核性腦膜炎診斷。
2.Reye綜合征
因急性腦病表現和腦脊液無明顯異常使兩病易相混淆，但依據Reye綜合征無黃疸而肝功明顯異常、起病后3～5天病情不再進展、有的患者血糖降低等特點，可與病毒性腦膜炎或腦炎鑒別。