由于新生兒心肌炎臨床表現不典型，診斷有一定的困難。對本診斷標準不能機械搬用，有些輕癥或呈隱匿性經過者易被漏診，只有對臨床資料進行全面分析才能做出正確診斷。診斷依據包括：
1.臨床觀察到心功能不全、心源性休克或心腦綜合征；X線或超聲心動圖顯示心臟擴大；心電圖異常表現。三者中具備2項，發病同時或發病前1～3周為病毒感染依據。
2.同時具備病原學確診依據之一者可臨床診斷為病毒性心肌炎。具備病原學參考依據之一者可臨床診斷為病毒性心肌炎。需除外其他性質的心臟病或心肌損害。
