很多從事分析的實驗室小伙伴們都經常會用到氣相和液相色譜，但對質譜卻鮮少使用，所以在選擇在質譜時就會有諸多的疑問，有經驗的人會告訴他們三重四級桿只能定量，QTRAP既能定性又能定量，QTOF只能定性，而且質譜圖的解譜需要建立在一定工作經驗的基礎上等等。
其實，在大家的印象中，大家都知道質譜主要用于定性，以藥物分析為例，質譜用于推測藥物未知雜質的結構等很有優勢。
如果藥物分子量不是太大并且經費預算不是太多，低分辨的離子阱完全夠用，如果經費充足，考慮高分辨的IT-TOF或者Q-TOF，如果不差錢，可以考慮FTICR或者LTQ-Orbitrap。
各種質譜都各有所長，離子阱的優勢在于價格低、可做多級MS，定性能力強，但是定量能力不如最普遍使用的四極桿，靈敏度、重現性都要差一點。
離子阱和四極桿質量分析器有很多相似之處，在質譜的選擇上，往往讓人難以取舍。一句話總結的話，離子阱對于完全未知的沒有幫助。對于差不多心理有數的物質分析，會大有幫助，多級的嘛，可以獲得比四極桿、TOF更多的信息，分析結構有很多用處。
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