玉米種子發芽率的高低是衡量玉米種子質量的一個重要指標，也是影響田間出苗的一個重要因素。種子的發芽率受兩個方面的影響，分別是內在以及外在因素的影響，內在因素包括種子成熟度、種子含水量、藥害、機械損傷等，而外界的環境因素主要有光照強度、溫濕度、土壤含水量、土壤緊實度等幾個方面的影響。種子的外界因素可以使用種子發芽箱來進行實驗，通過他來進行能夠避免光照強度以及溫濕度等因素的破壞。
種子的內部因素是如何影響種子的發芽率的，以及該如何來將內部因素的影響降至最低？玉米種子發芽率與種子成熟度呈正相關，成熟度好，發芽率和發芽勢高。種子的成熟與未成熟之間的差異，可以使種子的顆粒大小有所差別，通過鼓風式凈度儀調節分離盡量將兩者分離，減少因為成熟對種子發芽率的影響。同時這一點也可以通過使用種子的飽滿度來進行衡量的，種子飽滿度的檢測室通過千粒重來進行實驗的，種子千粒重的測量過程中需要使用到種子數粒儀以及不同精度的天平來進行試驗的。
種子水分是影響發芽率的主要因素。在收獲后的晾曬過程中，隨著氣溫的變化易發生高溫霉變。當種子的水分含量越高的時候，玉米堆的溫度上升得越快到，隨著堆放的時間延長，玉米將會完全喪失生命力，這一點要注意玉米收獲之后的存放以及晾曬。
機械脫粒對種子造成的損傷因品種而異，脫粒時對水分要求也不同。含水量過高或過低，脫粒時都易傷到籽粒胚部造成畸形苗的增加，影響種子發芽率。因此在種子脫粒的過程中，可以通過種子含水量的控制來進行降低機械脫離對種子的傷害，提高種子的發芽率。