瓊脂糖凝膠的配制是分子實驗室比較基本的操作，因此正確地操作對整個實驗來講很有必要，大體流程如下：稱量、熔膠、倒膠、拔梳。
1.稱量 我們通常所說的0.8%、1%的膠都是指的質量體積分數，即所稱取的瓊脂糖粉的質量（g）比所加的TBE緩沖液的體積（mL）即膠的濃度。緩沖液的體積根據膠板的大小而定。如小膠板0.8%的膠需要瓊脂粉0.104g，TBE13mL。
2.熔膠 將所稱量的瓊脂粉與TBE在錐形瓶中混合，在微波爐內反復加熱2~3次至瓊脂粉溶解并無氣泡。
3.倒膠 干凈的膠槽內擺好梳子，往膠內滴加1uL左右核酸染料，混勻，待冷卻至不燙手，輕輕倒入膠板內。
4.拔梳.待大約20min后，輕輕拔掉梳子（若不好拔，可以滴加適量的TBE緩沖液）。