結垢是顆粒物、膠體、金屬沉淀物附著于膜表面的現象，反滲透膜作為超純水機的核心過濾元件，一旦出現結垢現象那必然會影響產水效率，那么超純水機如何防止結垢呢？
實驗室超純水器如何防止結垢主要要做好原水預處理的工作，特別注意污染指數的合格，即通過反滲透膜前系統將原水中易結垢的物質如鈣鎂離子等提前去除。
其次應做好控制好細菌，避免細菌在超純水機內的滋生，保持鹽水側的紊流狀態，減輕膜表面溶液的濃差極化，避免某些難溶鹽在膜表面析出，造成結垢現象發生。關注原水水質變化情況，避免原水水質發生變化導致反滲透膜迅速下降。