早期診斷是保證患兒獲得早期治療的前提。凡急性發熱起病，并伴有反復驚厥、意識障礙或顱壓增高表現的嬰幼兒，均應注意本病可能性，應進一步依靠腦脊液檢測確立診斷。然而，對有明顯顱壓增高者，最好先適當降低顱壓后再行腰椎穿刺，以防腰穿后腦疝的發生。
嬰幼兒和不規則治療者臨床表現常不典型，后者的腦脊液改變也可不明顯，病原學檢查往往陰性，診斷時應仔細詢問病史和詳細體格檢查，結合腦脊液中病原的特異性免疫學檢查及治療后病情轉變，綜合分析后確立診斷。
