嬰幼兒肝細胞癌的臨床癥狀無特異性，常有食欲不振、厭食、體重減輕或不增加，嘔吐、腹痛較少見。晚期可出現黃疸、腹水。腹部膨隆是嬰幼兒肝細胞癌患兒的常見癥狀，嬰幼兒肝細胞癌患兒的父母常會注意到或通過體檢發現上腹包塊，絕大多數病兒因腹部腫大而就診。
嬰幼兒肝細胞癌的體征主要有面色蒼白、腹部膨隆、肝臟腫大，查體在右上腹可觸及腫大的肝臟，質地堅硬，表面光滑，大者可達盆腔，可觸及瘤結節并伴有觸痛。晚期可出現黃疸、腹水。其他癥狀包括發育不良、易激惹等。
部分嬰幼兒肝細胞癌男性患兒以性早熟為始發癥狀，發生率為2.3%，表現為生殖器增大，聲調低沉及陰毛生長等,原因是腫瘤細胞可合成人絨毛膜促性腺激素（HCG）。