從孢子結構來看，孢子 可分游動孢子和不動孢子生兩種類型。每個孢子囊產生的游動孢子數目，依植物的種類物而異，但大部分藻類植物每個孢子囊一般產生16~64個游動孢子。此類孢子常為梨形或球形，并依種類不同，可能具2或4根鞭毛或幾輪鞭毛。
從孢子囊釋放后，游動孢子可以游動一段時間，如綠藻類的盤星藻屬，能游動4分鐘，而絲藻屬則可游動展3天。
然后,脫掉鞭毛，分泌細胞壁，并開始分化形成新的原葉體。但某些藻菌類和高等隱花植物的孢子，不具鞭毛，體輕，可在空中漂游，外表具有保護層，能抵抗不良的生長條件。
大部紅藻門植物產生不動孢子，它是由合子萌發形成的絲狀體末端切割而成的。