不過Smart CyclerII需要使用獨家的扁平反應管，增加了反應成本，上樣也不如傳統的方法方便，而且16個樣品槽也不大適合批量反應的要求——不過Smart CyclerII的軟件設計允許一臺電腦同時操作6臺Smart CyclerII，部分彌補了缺憾。所以Smart CyclerII會更適合多成員、樣本量不大、要求快速出結果的實驗室。不是每個實驗室都總是要同時檢測幾十上百個樣品吧？
在選購定量PCR前之前我們需要先了解自己的需要——是同時檢測大量樣本？還是小規模的研究？是固定的標準化檢測方法還是有機會嘗試不同的方法？隨著技術的加速發展不斷有新的熒光素、標記方法和試劑盒面市，還要考慮儀器性能在將來的可拓展性等等。本文并非指出哪一類的儀器更適合我們的需要——畢竟不同應用領域、不同的實驗室有著不同的需求，所以了解不同類型的定量PCR儀的特點有助于選擇更適合自己需要的儀器，“不求最好，但求適合”。